Về cơ bản, POP3 và IMAP là hai giao thức mà các ứng dụng quản lý thư (mail client) như Outlook, Thunderbird hay ứng dụng email tích hợp trên Android thường sử dụng để kiểm tra email.

Trong hai giao thức này, IMAP (Internet Message Access Protocol) được thiết kế cho phép đồng bộ dữ liệu email từ máy chủ dịch vụ đến các thiết bị khác nhau và không tải email về thiết bị đầu cuối của người dùng.

Vì vậy, cho dù bạn kiểm tra email từ máy tính bảng, điện thoại thông minh hay máy tính, các nội dung từ hộp thư đến (Inbox), thư đi (Sent) cho đến các thư mục khác đều có nội dung giống nhau.

Trong khi đó, giao thức POP3 (Post Office Protocol version 3) lại được thiết kế đặc biệt để người dùng tải hẳn nội dung email từ máy chủ cung cấp dịch vụ về máy tính hay thiết bị của mình (tức các mail client). Hoạt động giữa máy chủ cung cấp dịch vụ và thiết bị đầu cuối không được đồng bộ với nhau như khi sử dụng giao thức IMAP, do đó một khi đã kiểm tra từ máy tính, bạn sẽ không thể xem những nội dung đã được tải về thiết bị này nếu sau đó kiểm tra email trên một thiết bị khác như smartphonehay tablet. Tuy vậy, với giao thức POP3, người dùng vẫn có thể cài đặt tính năng tạo một bản sao cho mọi email mới trên máy chủ dịch vụ.

Về cách thức thiết lập cấu hình dịch vụ, giao thức IMAP cơ bản cũng dễ cấu hình hơn so với POP3 vì khá nhiều trình mail client mặc định hỗ trợ giao thức IMAP. Trong khi đó, POP3 thường đòi hỏi quá trình cấu hình thủ công. Một số nhà cung cấp dịch vụ email thậm chí còn không hỗ trợ cả giao thức POP3. Dẫu cho có hỗ trợ, các nhà cung cấp dịch vụ đôi khi cũng không cung cấp các bước hướng dẫn cụ thể để thực hiện kết nối với máy chủ dịch vụ của họ qua giao thức POP3.

Không chỉ vậy, về phía người dùng cuối nếu muốn sử dụng giao thức POP3, trình mail client cũng phải hỗ trợ giao thức này như ứng dụng email mặc định của Microsoft hay giao diện modern UI trên Windows 8.1.

Như vậy, đây là lý do để khuyên người dùng nên sử dụng giao thức POP3 thay vì IMAP. Thứ nhất, đó chính là vì chính sách lưu trữ và bảo mật của nhà cung cấp dịch vụ thư điện tử mà bạn đang sử dụng. Nói một cách đơn giản, nếu hộp thư chính mà bạn dùng không phải từ các nhà cung cấp dịch vụ email hàng đầu như Gmail hay Outlook – mà do một nhà cung cấp khác như ISP, web hosting (nhà cung cấp dịch vụ lưu trữ website) vốn thường giới hạn số lượng email được lưu trữ trên máy chủ – thì tốt nhất bạn nên dùng giao thức POP3.

Trong trường hợp này, với giao thức POP3, bạn có thể tải hết email về máy tính cá nhân nhằm tránh tình trạng vượt hạn mức mà nhà cung cấp dịch vụ cho phép. Bên cạnh đó, việc kéo hết email cá nhân về máy tính của mình cũng là cách người dùng tự bảo vệ mình.